当我们首次打开《幻塔》，就会看到一对拓荒者逃亡的画面，最后会让你选择角色性别，来完成之后的旅程。在这里，选择男女并不重要，看自我喜好就好，因为后面的剧情故事，并不会因为性别而有所不同。
开场动画里，藏着第一个伏笔。动画最后，主角(下文称拓荒者)被抓，清除了记忆，但是并没有被带走，而是被星岛的莎莉、夏佐兄妹所救，这里总觉得是敌方刻意为之，有木有？
好啦，言归正传，我们回到剧情。故事发生在艾达星上，这是一个地球人新开发的星球，为了解决能源问题，移民当局发现了拥有原能的彗星玛拉，并建造幻塔将其捕获，以获取稳定的能源。没想到的是，才用了5年，原能泄露了，让美丽的艾达星一夜之间变成末世废土。
虽然有些人幸存了下来，但因爆炸而引起的辐射后遗症越来越严重，部分人类、植物、动物被异化，成为了威胁人类生存的怪物。这些活下来的人类，主要分为三种群体，一是“海嘉德”，他们生活在幻塔之上，是科学家们共同建立的科研组织，在他们看来人类的未来方向是接纳以及掌握原能，并且研发出了抑制器，帮助人类抑制变异。其次是“艾达之子”,是大爆炸之后底层民众暗中建立的抵抗组织，他们排斥原能，认为必须摧毁幻塔，建立新的世界秩序。那第三种，就是远离纷争，只管活在当下的普通民众，玩家出生所在的星岛，就是其中一个避难所。
既然有抵抗，那么必然有对抗。“艾达之子”活跃在海嘉德没有完全控制的区域，常常出来搞事情，引起骚乱。在主线剧情中，可爱的小萝莉莎莉就是在一次异化人的袭击中，为救哥哥不幸被感染辐射的。按照以往不成文的规定，被感染的人是要直接咔嚓的，但哥哥夏佐下不去手，选择带着莎莉寻找神秘组织艾达之子，对莎莉进行了机械化改造。在剧情CG中，我们也看到，莎莉和夏佐本就出生于艾达之子组织之中，他们的回归，必然会推动艾达之子的发展。
另一方面，海嘉德作为现有秩序的制定者，自然也不会放任艾达之子明里暗里搞事情，海嘉德也培养了一批特工——执行者。执行者不仅生活在天空之城，还会潜入底层与艾达之子正面较量。 在夏佐带着莎莉离开星岛之后，拓荒者的身份也被揭开，被海嘉德官方认证就是执行者！
所以后续，昔日好友，就将代表不同的势力展开暗地里的对抗了！更虐的是，总有一天，双方会当面对质，我们也必须做出自己的选择。但必须要划重点的是，清除记忆加上海嘉德失去的档案，拓荒者身份依然有疑。而莎莉被改造之后，剧情才是真的开始，我们要做的就是不断强大自己，完成一个个任务，顺着主线去揭开每一个谜团。
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