学院系统作为《新世纪福音战士OL》手游中特色玩法之一，这对指挥官来说是不可缺少的重要功能，而这功能据悉会在后续版本中得到升级，全新的作战计划和人物派遣给会在不久的将来正式和eva指挥官们见面，可以的到更多的加成和资源，敬请期待吧！
资源补给 驾驶员派遣功能开放
作为学院系统的新功能，驾驶员派遣除了能让我们学院的五位主角能够上阵执行任务之外，更主要的是给广大的指挥官提供一个免费的获得资源的途径。该玩法下面，游戏中任何珍惜资源都可以获取，对于大多数普通玩家来说，无疑是一个快速增长战力的途径。
具体的玩法中，派遣任务共有五个不同的难度级别，不同的难度其需要的驾驶员数量、完成的时间也有所区别。值得一提的是，派遣任务根据其性质分为指定性任务和非指定性，指定性任务在执行的时候需要特定的驾驶员，非指定则无限制。如何安排五位主角学院的任务执行顺序，也是能否最大化收益的一个重要因素。
运筹帷幄 作战模组系统开放
如果说驾驶员派遣玩法考验的只是简单的任务派遣问题，如何计算最大收益的话，那么作战模组则是直接增强我们的硬实力了，考验的则是玩家们对于整体驾驶员属性的综合调配。
游戏中，根据驾驶员在学院中不同的学位/军衔，可以执行不同模块等级的战术制定，从而影响不同的属性成长。比如在强攻战术中，越高模块等级的强攻将给执行的驾驶员提供更高的进攻属性加成。至于什么驾驶员选择强攻，什么驾驶员选择坚壁，就要看指挥官对于自己驾驶员以及EVA机体的定位理解了。
神器增强 等级进阶全面开放
《新世纪福音战士》中的神器，朗基努斯之枪作为一把“弑神之枪”，朗基努斯之枪是唯一可以直接穿过A.T.Field并有效杀伤使徒的武器。在后来的剧场版中有其复制品出现，并成为EVA量产机第一武器，而明日香的二号机也毁于量产机的长枪之下。新版本中，这把神器的等级也会得到全面的提升，并且进阶也会继续增加。不管是否已经拥有，相信所有指挥官都急切的希望这把“弑神之枪”的再度进化。
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